2001年10月，九届全国人大常委会通过了《关于修改〈中华人民共和国工会法〉的决定》。这次工会法修改的重要内容之一是增加了对工会组织及其工作人员合法权益的司法保护。修改后的工会法规定了三种涉及工会组织的民事案件：一是工会的独立法人地位及其财产受到侵害时向人民法院提起的诉讼案件；二是工会组织为追缴拖欠的工会经费向人民法院申请支付令的案件；三是工会工作人员和参加工会活动的职工的权利侵害案件。为保证人民法院审理涉及工会组织的民事案件时能够准确理解和适用工会法及相关法律的有关规定，根据工会法、民法通则、劳动法、民事诉讼法等有关法律规定，最高人民法院《关于在民事审判工作中适用〈中华人民共和国工会法〉若干问题的解释》（以下简称《解释》）对人民法院在审理民事案件中如何适用法律以及有关的司法程序问题作了明确规定。
一、关于工会的独立法人资格问题
工会组织具备法人资格，即具备独立的民事主体资格，这包含三方面的含义：一是工会组织具有相应的民事行为能力。工会组织可以独立实施民事行为，如可以设立企业、可以参加民事诉讼活动等。人民法院在审理案件时，应当区分具有法人资格的工会组织和不具备法人资格的工会组织。对于具备法人资格的工会组织作为独立的民事主体对待?将建立工会的企业、事业单位、机关的行为与所建工会以及工会投资兴办的企业的行为区分开来，它们各自对自己的行为独立承担法律责任。二是工会组织财产及其他权益具有独立性。建立工会组织的企业、事业单位、机关与工会组织的财产是分别独立的。工会组织对其财产、经费和国家拨给工会使用的不动产归其所有或者使用。工会组织投资建立的企业的财产与权益也归其所有，与建立工会的企业、事业单位、机关也是独立的。三是工会组织的民事责任独立。工会组织对外产生的经济纠纷，以工会组织的财产对外承担民事责任。工会组织投资的企业具有法人资格的，以投资的企业所有的财产对外承担责任；工会组织投资的不具有法人资格的企业发生的债务，工会组织以其财产承担连带责任。建立工会组织的企业、事业单位、机关对工会组织及工会组织设立的企业的债务不承担责任。同样，建立工会组织的企业、事业单位、机关对外发生的债务，也不得用工会组织及其企业的财产来承担责任。人民法院在审理民事案件中，应当依据法律的规定确认工会组织的社团法人资格，并保护工会组织的独立性。建立工会的企业、事业单位或者机关被起诉时，不能将工会组织一并列为被告。法院判决这些企业、事业单位、机关承担民事责任时，不能裁判工会组织对此承担责任，也不得对工会组织的财产、经费账户等采取查封、冻结、扣押、强制划拨等强制措施。
二、申请支付令案件
追缴工会经费的支付令案件应当适用民事诉讼法和最高人民法院于2001年发布的法释〔2001〕2号《关于适用督促程序若干问题的规定》中的有关规定。此外，《解释》对追缴工会经费的支付令案件的三个问题作了进一步规定：一是支付令案件的地域管辖问题；二是对支付令提出异议的问题；三是上级工会申请支付令问题。工会要向法院申请支付令，首先应当确定受理支付令申请的法院，即工会应当向哪一级哪一个法院申请支付令。《解释》明确规定了支付令应当向被申请人所在地的基层人民法院申请受理。不管拖欠的工会经费数额多大，申请支付令的工会是基层工会，还是其上级工会，也不论被申请人是企业、事业单位还是机关，均由拖欠工会经费的企业、事业单位、机关所在地的基层人民法院受理。这主要考虑两个因素：一是遵守民事诉讼原告就被告确定管辖的原则，所以《解释》规定由被申请人所在地的人民法院管辖；二是支付令案件属于事实清楚、争议不大的案件，基层人民法院审理此类案件符合民事诉讼法规定的确定级别管辖的原则。
支付令异议程序在民事诉讼法中有明确规定，即在支付令发出后，债务人在收到支付令后十五天内可以对支付令提出异议，即使异议没有说明任何理由，支付令也会自行失效，人民法院应当裁定支付令程序终结。支付令程序终结后，债权人只能依照民事诉讼法的规定，向有管辖权的人民法院起诉，进入普通诉讼程序。为避免拖欠工会经费的企业、事业单位、机关滥用对支付令的异议权，以达到拖延支付工会经费的目的，增加工会组织的诉讼负担，影响工会组织的正常工作，损害广大职工的利益，《解释》在不违反法律原则的前提下，规定了较为灵活的做法：人民法院受理工会经费支付令案件后，经审查认为符合签发支付令条件的，在签发支付令之前，应当先询问被申请人对申请人要求支付的工会经费事实及金额有没有异议。这种询问程序，是人民法院受理工会组织就拖欠工会经费申请支付令案件的必经程序。如果被申请人对拖欠经费的数额没有异议，仅对应缴工会经费的部分金额有异议的，人民法院告知申请人后，可以仅对被申请人没有异议的金额部分签发支付令，而不是对申请人申请的全部金额签发支付令；如果被申请人对债务事实及数额均没有异议，但提出没有清偿能力或者不同意拨缴经费的，人民法院应当就申请的全部经费数额签发支付令；如果被申请人对债务关系提出异议的，申请人不撤回申请的，人民法院应当就全部申请工会经费数额签发支付令。特别应当注意的是，在被申请人仅对拖欠的工会经费数额有异议时，如果申请人不同意人民法院仅就没有异议的数额签发支付令，又不愿意撤回申请的，人民法院应当就全部数额签发支付令。例如，工会提出应拨缴的工会经费是12万元，而被申请人认为实际只应拨缴10万元，对其他2万元提出异议，法院即可先对10万元的经费金额签发支付令。人民法院仅就被申请人没有异议的经费数额签发的支付令，被申请人往往不会再提出异议，能够得到履行，可以大大提高诉讼的效率，既符合支付令程序简便快捷的本质特征，又可有效遏制债务人滥用异议权，使当事人的权益早日得以实现。
按照工会法第四十三条的规定，上级工会可以就企业、事业单位、机关拖欠下级工会的经费向人民法院申请支付令或者提起诉讼。对这类案件，人民法院应当受理。此类案件，上级工会是案件的当事人，可以以自己的名义参加诉讼，既不是代表下级工会参加诉讼，也不是作为下级工会的代理人参加诉讼。上级工会申请支付令时，应当以自己的名义申请，不需要经下级工会的同意或者授权。上级工会可以单独申请支付令，也可以与下级工会共同申请。对于申请支付令的上级工会没有级别的限制，只要是上级工会即具备诉讼主体的资格，不受与下级工会组织之间级别关系的限制。
三、关于工会工作人员劳动权益的保护问题
《解释》对工会工作人员的劳动权益保护问题作了两方面的规定：一是关于工会特定工作人员任职期间劳动合同期限的延长问题；二是因参加工会活动或者履行工会法规定的职责而被解除劳动合同问题。
1．劳动合同期限的延长
针对工会法第十八条规定的基层工会组织的专职主席、副主席及工会委员自担任该职务时起其劳动合同的延长问题，《解释》对任职期间的起算时间、延长期间与任职期间的关系等问题作了规定。基层工会的专职主席、副主席、委员的劳动合同延长的期间应当自上述人员工会职务任职期限届满之日起计算，延长的期限等于其工会职务任职的期间。《解释》规定工会工作人员的“个人严重过失”，是指具有《中华人民共和国劳动法》第二十五条第（二）项、第（三）项或者第（四）项规定的情形。工会主席、副主席、委员如果有严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的行为，或者在劳动中严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害的行为，或者因违法犯罪被依法追究刑事责任时，视为有“个人严重过失”。依据劳动法的规定，在劳动者有上述行为时用人单位有权单方解除劳动合同，并不因劳动者担任了工会职务而受影响。
2．用人单位违法解除劳动合同的责任
人民法院审理职工和工会工作人员因参加工会活动或者履行工会法规定的职责而被解除劳动合同的劳动争议案件，根据当事人的请求，可以采用两种方式给予救济：裁判用人单位恢复其工作，并补发被解除劳动合同期间应得的报酬，或者裁判用人单位给予本人年收入二倍的赔偿。职工或者工会工作人员因工会活动而被解除劳动合同时，如果已经找到其他工作，或者认为已经无法继续在该单位工作而不要求恢复劳动关系的，请求用人单位支付其本人年收入二倍的赔偿金，同时要求支付解除劳动合同的经济补偿金的，人民法院应当予以支持。经济补偿金应当参照《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第八条规定的标准计算。
对于工会法第五十二条规定的用人单位给予职工或者工会工作人员本人年收入的二倍赔偿金的性质，以及赔偿金与劳动法规定的解除劳动合同给予的经济补偿金的关系问题。一种观点认为，给予当事人年收入的二倍赔偿与经济补偿金都属于经济补偿，不能并用。另一种观点认为，在用人单位非法解除劳动合同时支付的劳动者本人年收入的二倍赔偿是过错赔偿责任，是对用人单位的非法行为造成职工或者工会工作人员损失的赔偿，属于违反劳动合同的违约责任。而劳动法规定的解除劳动合同时的经济补偿金是社会保障性质的，与双方当事人的过错无关。两种责任形式的功能和目的不同，可以并用。《解释》采纳了后一种观点，主要基于以下考虑：首先，解除劳动合同的经济补偿金与赔偿金的性质不同。我国劳动法第二十八条规定用人单位在劳动法第二十四条、第二十六条、第二十七条规定的劳动合同解除的情形下，应当按照国家有关规定给予劳动者一定金额的经济补偿，而劳动法第二十四条、第二十六条和第二十七条规定的都是用人单位解除劳动合同没有过错的情形，所以解除劳动合同的经济补偿金是在用人单位没有过错时应当支付给劳动者的，是为了对劳动者进行救济，而不是承担违约责任。这一点从劳动法第二十五条的规定也可以得到清楚的证明。所以，解除劳动合同的经济补偿金在性质上属于非因双方过错而产生的，与用人单位因过错承担的违约责任可以同时适用。如，劳动法第九十一条规定支付经济补偿与支付赔偿金可以并用。劳动法第九十八条也规定用人单位对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任，与经济补偿也是区别开的。其次，此种赔偿金具有一定的惩罚性，是出于对弱者的保护。工会法第五十二条规定的年收入二倍的赔偿金，不以劳动者实际上遭受了损失为前提，也不要求与劳动者的实际损失一致，因而具有一定的惩罚性，但这并不影响它的合理价值。因为，劳动合同关系中的劳动者相对于雇主来说，往往是弱者。加强对社会上的弱势群体利益的保护是现代法治社会普遍的原则，也是维护社会公平、正义的重要方法。经济补偿与赔偿金的并用，恰恰是保护弱者的需要。再次，加强对职工参与工会活动、工会工作人员履行职责的法律保护，有利于保障工会法的贯彻实施，保障工会组织正常履行其职责，发挥其职能。
